宇宙世纪0096年、ラプラスの箱＝宇宙世纪宪章をめぐる事件后から数か月が过ぎたころ地球连邦军は地球圏外に漂う、分断されたアクシズに调査団を派遣させる。调査団のメンバーには、アルレット・アルマージュとダントン・ハイレッグという二人の民间人も参加していた。彼らはかつて技术者とテストパイロットとして、ジオン公国军、そしてネオ・ジオンに仕官していたという过去があったのだ。アクシズに潜入した调査団は、谁もいないはずの基地内で强袭を受ける。そしてアルレットとダントンは、想像もしていなかった出来事に遭遇するのだった…。