ネウロイの巣を破壊した戦いで魔法力を失った宫藤芳佳。501部队が解散した后、彼女は故郷の扶桑へ戻り、久しぶりに平穏な日々を送っていたが、かつての上官だった坂本たちの计らいで欧州の医学校へ留学することになる。海军兵学校で坂本の生徒だった服部静夏と一绪に再び欧州へ向かう宫藤。一方、かつての501部队の队员たちも各地に散り、それぞれの生活を送っていたが、宫藤の再渡欧や新たなネウロイの兆候をキッカケに、再び集まり始める。そんなとき、欧州を旅する宫藤と静夏の前に、强大なネウロイが出现、宫藤はかつてない最大の危机に陥ってしまう