夏休み最后の思い出に、里山でツリーハウスを作っていたのび太たちは突然の大きな音におどろき、空から何かが落ちてきたのかとかけつけてみるが、地面に穴が空いているだけで何も见つからない。だが、実は草むらの中に“宇宙害獣（うちゅうがいじゅう）・モング”がひそんでいた…。モングは、アメーバ状の生物で、人の体の中に入ってあらゆるものを食べつくす、キケンな害獣だった。宇宙船の格纳库から逃げ出したモングは、たまたま地球へと上陆。その后、どら焼きの中にかくれていたところを、なんと何も知らないドラえもんが食べてしまう…！翌朝、のび太の家の冷蔵库が空っぽになっていることにおどろくママとパパ。さらに、せっかくみんなで作ったツリーハウスがグチャグチャにこわされ、そこには巨大な丸い足迹が残されていた。大きなタヌキが、街中を荒らしているというウワサを闻いたのび太たちは、そのタヌキが犯人ではないかと考える。そんななか、のび太はモングを追って来た宇宙警察（けいさつ）の少女・ニーナと出会い、ニーナも大好きだという“パーマン”の话で盛り上がる。ニーナから、モングはこの街の谁かに寄生しているはずだと闻かされたのび太は、深夜のドラえもんの怪しい行动に気づいて…！？