外宇宙から现れた谜の光が地球に向けて进んでいく。その光球飞行物体が通り过ぎていった各惑星の前线基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飞行物体は急速に地球に接近、地球侧も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして后から地球に押し寄せて来た大舰队の奇袭攻撃に地球舰队は为すべも无く壊灭し、地球は瞬く间に制圧される。暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中间子质量を破壊し、人类の脳细胞を一挙に死灭させることが出来ると胁してくる。古代达ヤマトの乗组员达は、英雄の丘に集结、森雪のもたらした地球防卫军长官からの极秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で负伤し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から决死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。ヤマトの乗组员たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敌母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。